不过，网络漫画市场也面临许多挑战。其中，最大的问题就是非法传播及盗版行为。一些想“白嫖”的读者创建非法的网络漫画网站，造成了3183亿韩元的损失。这也引起了韩国文化产业振兴院、韩国文体旅游部以及韩国警方的重视，三部门继续推进2018年开始的网络漫画用户意识运动，并且关停了部分非法的网络漫画网站。
另外一个挑战是翻译的问题。翻译不仅会丢失原文的很多“梗”，也很难将原文的语境和文化准确地传递给另一个国家的读者。举个例子，《未生》——一部讲述办公室新人挣扎的生活的网络漫画，批评了整个社会的失业问题；《我的ID是江南美人》《女神降临》两部作品都讲述了女孩通过改变外貌来寻求不同生活的故事，反映“看脸”的时代问题。这些网络漫画在韩国本土都获得了巨大成功，甚至被搬上了电视银幕。但是，韩国文化产业振兴院的报告显示，由于文化隔离，这些作品在国外都没有获得很好的成绩，也就是说，外国观众很难真正理解韩国的社会文化孕育出的人物形象。例如，《未生》在中国并没有很火，因为这个关于现代职场竞争和工作岗位短缺的故事虽然可以引起韩国观众的共鸣，但中国观众对此并不能感同身受。此外，这份报告还建议韩国网络漫画能够增加超级英雄、幻想、童话等题材的作品。
但是，有观点认为，这种改变可能会给韩国网络漫画公司带来巨大的经济损失。可以想见：若网络漫画的题材内容不再与韩国本土社会接轨，那么它将很难在韩国继续创造营收，因为韩国观众追捧网络漫画的原因之一就是漫画人物与观众自身生活的紧密联系。漫画主角所经历的挣扎、困境、苦难，让读者感同身受，引发共鸣。大热网漫《未生》就是绝佳的证明。这部作品被改编成电视剧以后，创造了约100亿韩元的利润。为了吸引国外的观众，放弃能创造营收的本土题材可能会对利润造成很大影响。更重要的是，外国观众可能并不会对超级英雄、幻想、童话题材的网络漫画感兴趣。在这些领域，日本动漫占据了绝对的优势地位，韩国的网络漫画很难追赶上早几十年发展起来的日本动漫。何况，在网络漫画的全球扩张中，日本动漫逐渐开始黯然失色，网络漫画若想走多元化的发展路径，就不应该 “复制”日本动漫的题材，这样只会降低韩国网络漫画的竞争力。
本土话题究竟能不能吸引外国观众？这一点有待斟酌。电影《寄生虫》是一个例证。《寄生虫》通过反映韩国的阶级矛盾、社会不平等、贫富差距，呈现了韩国穷人生活的现实。但是，它并不仅仅在韩国本土引发关注，还斩获多项国际大奖，包括美国奥斯卡奖和法国金棕榈奖。这是因为阶级矛盾、社会不平等、贫富差距的问题不是只发生在韩国，而是存在于全球各国。失业、颜值焦虑的问题也同样如此。当然，这也并不是说，各国观众的口味没有差别。根据韩国Lezhin公司2016年的数据，最受韩国观众追捧的故事题材是大学恋爱。这并不令人意外，毕竟韩国在这种校园恋爱的题材上有相当出色的制作水平，韩国甚至有专门用语CC，指“校园情侣”。美国观众则更偏爱高中恋爱故事，其原因在于美国针对这一年龄段观众的电影，例如少女电影、青少年电影的制作水平相当高。所以，韩国网络漫画公司若想使其作品主题更为多元化，也应该考虑各国观众的特点而有针对性地推出不同题材的作品。
此外，对于韩国网络漫画公司来说，还有很多种扩大外国营收的模式。比如，Daum公司在2018年与中国互联网公司腾讯达成协议，腾讯将在之后的三年支付20%的版税购买Daum网络漫画的广告模式。在北美市场，网络漫画公司将其作品出售给Netflix用于改编成电视剧或电影。例如《喜欢的话请响铃》（2019），《甜蜜家园》（2020），《梨泰院CLASS》（2020）。随着这些改编作品的大热，网络漫画公司不仅获得了巨额利润，也夯实了国外的粉丝基础。总之，与外国电影、电视剧、游戏制作公司的合作能够持续提高网络漫画的市场营收。
当前，网络漫画公司遇到的最大阻碍是国际数字基础设施的不足。用户要下载、观看数字信息，高速互联网和宽带是必不可缺的。对于全世界最大的漫画市场——韩国、日本、美国来说，高速互联网和宽带不成问题；但在印度、印尼、菲律宾这些发展中国家却成为了阻碍因素。不过，随着人们对于数字信息需求的不断增长，特别是中国的宽带速度标志性地超过8M，相信其他国家也会陆续跟上。如此一来，韩国网络漫画市场也会逐渐扩张到全球各个地区——即使它的题材和内容看起来不那么多元化。
